1. 梅种质资源搜集与评价：项目组在全国率先开展梅种质资源的收集整理工作，共收集梅种质资源460余份，分别建立了国家果梅种质资源圃和南京中山陵梅花品种专类园，并对梅种质资源进行了综合评价，撰写出版了《中国果树志·梅卷》和《南京梅谱》两部专著；利用AFLP、SNP、SSR等多种DNA标记技术对梅遗传多样性及梅与其它重要李属果树的遗传关系进行分析；根据地理分布、开花物候期以及分子水平上的证据提出地理隔离与开花物候期差异造成的合子前生殖隔离是梅、杏两个杂交可育树种独立存在的重要因素；利用芯片杂交技术从转录组水平上分析了梅和杏果实发育过程中的差异基因及基因表达情况，这对于利用杏种质进行果梅遗传改良具有重要参考价值。上述研究工作的完成促进了对梅种质资源遗传多样性、梅与其它李属果树关系的认识，为梅研究及梅品种选育奠定了重要的物质基础。
2. 梅新优品种选育与国际登录：通过实生选种、芽变育种等育种手段培育出‘斑枝骨红’、‘彩枝舞粉’等97个极具观赏性的花梅品种、24个花果兼用型品种以及1个丰产稳产的果梅新品种‘南红’。同时系统地开展了梅品种资源的选择工作，从中筛选出可供生产中应用的24个切花品种，20个小、微型盆栽梅花品种，以及果梅核心种质20份和适合江苏省发展的7个主栽果梅品种，这些都促进了梅品种资源的直接利用。
从1999到2011年，共同向国际登录中心申报并批准的登录梅品种达176个，约占全国梅登录品种的50%，促进了梅文化在世界范围内的传播。
3. 梅品种鉴定：利用能够提高DNA标记鉴定植物品种效率的人工绘制品种鉴定简图法(MCID)，绘制了能够高效服务于梅产业的花梅、果梅的品种鉴定图。该鉴定图可以提供鉴定与区分重要梅品种的分子依据，达到了提高梅品种区分、梅品种早期鉴定以及种苗纯度鉴定等的效率和准确性的目的。
